Declarado por la UNESCO como “Patrimonio de la Humanidad” en 1994, el convento dedicado a la virgen de La Natividad. Fue construido entre el 1555 y 1580 por frailes dominicos que llegaron a evangelizar a los indígenas de esta zona. El convento permaneció en manos de los frailes dominicos hasta 1773, fecha en que fue entregado al clero secular como consecuencia de las Reformas Borbónicas de fines del siglo XVIII.

Al parecer en 1857 se interrumpió la vida religiosa del antiguo convento debido a la promulgación de las Leyes de Reforma; se inició entonces una etapa de abandono y sucesivas ocupaciones del monumento: como cuartel ocasional de las tropas francesas de Maximiliano de Hamburgo (1864-1867), y décadas después de los ejércitos zapatista y constitucionalista.

En 1939 el presidente Lázaro Cárdenas entregó el ex-convento, para su custodia, al Instituto Nacional de Antropología e Historia. A partir de 1993 el INAH inició un proyecto integral de restauración del Ex-convento de La Natividad. En el año 2000 se inauguró en este edificio el Museo Histórico de Tepoztlán, que cuenta también con un Centro de Documentación Histórica.